La conquista Española

En el mencionado contexto, año de 1531, llegó la invasión española a tierras , encabezada por Francisco Pizarro. La guerra entre hermanos y las alianzas estratégicas de Pizarro con etnias en rebeldía ante el Imperio Inca, hizo que la conquista e invasión española no fueran difíciles de llevar a cabo.

El sector correspondiente al Ecuador fue ocupado en forma efectiva por Sebastián de Benalcázar, en 1534 fue fundada por Diego de Almagro la ciudad de San Pedro de Riobamba la primera ciudad fundada en el actual Ecuador. A Sebastián de Benalcázar se le debe la fundación de San Francisco de Quito también en 1534. El conquistador Francisco Pachecobajo las órdenes de Diego de Almagro, por su parte, fundó San Gregorio de Puerto Viejo en 1535 convirtiéndola a ésta en la primera ciudad asentada en la actual costa ecuatoriana.

Autorizado por Pizarro remontó el Guayas, y la asentó en un lugar cercano a la boca del río Yaguachi sobre el río Amay (Babahoyo), y se la conoció como Santiago de Amay (1535). Asaltada e incendiada por los bravíos Chonos se mudó a la culata del río con el nombre de Santiago de la Culata (1536). Nuevamente asolada, esta vez por la alianza de Chonos y Punáes, escapó a otro lugar y fue reconocida como Santiago de la Nueva Castilla (1537). En recurrencia trágica se refugió entre los huancavilcas “que eran gente de paz” (1542), pero nuevamente debieron huir, esta vez a la vera de un pueblo indígena llamado “Guayaquile” (1543). Temiendo retaliaciones construyeron grandes balsas, y, encabezados por los capitanes Olmos, Rodrigo Vargas de Guzmán y Toribio de Castro, 140 personas con su menaje cruzaron el río Amay. Y, el 25 de julio de 1547, día del apóstol Santiago, patrono de la ciudad, atracaron en Las Peñas y asentaron la ciudad en la unión cimera de los cerros que hoy se conocen como Santa Ana y del Carmen. Desde entonces es Santiago de Guayaquil.

La ciudad de Cuenca fue fundada en 1557 sobre las ruinas de la ciudad Inca de Tomebamba, esto fue llevado a cabo por Don Gil Ramírez Dávalos, bajo órdenes del Virrey del Perú.

Una expedición, al mando de Francisco de Orellana, descubrió en 1542 el río Amazonas. Algunos años después tuvo lugar la fundación de la Presidencia y Real Audiencia de Quito (1563), la cual estuvo subordinada al Virreinato del Perú (excepto durante el breve período de 1717 a 1723) hasta 1740, fecha en que fue puesta bajo el Virreinato de Nueva Granada. El antiguo Gobierno de Quito de Gonzalo Pizarro, había ensanchado ya su territorio, hasta Cali y Popayán por el Norte; por el Sur hasta los desiertos de Piura; y por la cuenca del río Amazonas, la exploración de Gonzalo Pizarro, el descubrimiento y exploración del río Amazonas hasta el Atlántico por Francisco de Orellana, y las fundaciones en Yaguarzongo y Bracamoros, como los descubrimientos del alto río Marañón y al río Ucayali por Juan de Salinas y Loyola, dieron al antiguo Gobierno de Quito una extensión nueva en la cuenca del río Amazonas. Por estas razones, el 4 de julio de 1560 los quiteños pidieron al rey de España la creación de una Audiencia en la Gobernación de Quito.